Battle Angel, Yukito Kishiro'nun çizgi serisine dayanan 26. yüzyılda geçen bir hikaye. Bütün gelecek hikayelerinde olduğu gibi, dünya soylular, zenginler, fakirler ve serseriler olarak bölünmüştür. Tiphares’te iyi vatandaşlar varlıklı şartlarda yaşarken, alt tabaka ise Scrap Yard isimli harabe bir şehirde hayatta kalma mücadelesi veriyordur. Tiphares’ten sürgün edilen eski bir vatandaş olan Dr. Ido, günün birinde yaralı bir cyborg kızı bulur. Ardından onu onarır ve Alita adını verir. Hikaye de tamda burda Alita'nın kimlik arayışıyla başlıyor.

Bir santimlik sevimli bir kabuklu deniz hayvanı olan Marcel, büyükannesi Connie ve evcil tüyü Alan ile renkli bir hayat yaşamaktadır. Bir zamanlar büyüyen bir kabuklu deniz canlıları topluluğundan olan Connie, artık gizemli bir trajediden kurtulan tek kişi olarak yalnız yaşamaktadır. Fakat Marcel'in kısa bir videosu internette milyonlarca kez tıklanınca, Marcel ailesini bulma umudunu yeniden kazanır.

NASA uçuş mühendisi olan José Hernández'in gerçek hikayesinden ilham alan film, onun ve gururlu ailesinin Meksika'nın Michoacán kentindeki bir köyden, San Joaquin Vadisi'ne ve Uluslararası Uzay İstasyonuna kadar onlarca yıllık yolculuklarını anlatıyor. Dünya'dan 200 mil uzakta olan José imkansız hedefine azim, kararlılık ve ailesinin desteği ile ulaşmaya çalışacak.

Dr. Karn hastalarına reenkarnasyon konusunda rehberlik eden bir uzmandır. Harrison tekrarlayan garip rüyalar görmeye başlayınca Dr. Karn'dan yardım ister ve ona önceki yaşamında sevdiği kadınla karşılaştığını anlatır. Doktor sistemde bir aksaklık olduğunu fark ettiğinde, hastanın geleceği kalıcı olarak bozulmadan önce sorunu çözmeye çalışır...